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科研服務

SSR分子標記開發

微衛星 (Microsatellite) 又稱小串聯重復 (Short Tandem Repeats, STRs)(Simple Sequence Repeats, SSR)。在各種真核生物基因組中,分布廣且比較均勻。平均每 6 kb 長度中就有 1 個微衛星位點 (Beckmann Weber1992)。但隨著每個重復單位堿基長度的增加,微衛星位點的總數減少。具有突變速率快、多態性高等特點。

SSR 分子標記開發是指對多個混合樣品的全基因組 DNA 構建基因組文庫,利用探針,采用磁珠富集法富集得到SSR 的核心區域及兩端的保守序列區域,采用第二代高通量測序平臺對文庫進行序列測定,利用生物信息學的分析方法獲得具有多態性的 SSR 序列并設計引物。

應用領域


       ◇ 遺傳圖譜構建            ◇ 種質鑒定            ◇ 遺傳多樣性分析            ◇ 基因定位           ◇ 數量性狀基因座(QTL)分析



產品參數


測序平臺及模式

Illumina MiSeq, PE250

樣本選擇及數據量

1-5 個樣,推薦1.0   Gb;

5-10 個樣,推薦1.5   Gb;

10-20 個樣,推薦2.0   Gb;

備注:不同樣本分別提取DNA后等量混合建庫

DNA樣本量

總量≥1.0 μg,濃度≥20 ng/μl

(總樣本)

項目周期

標準分析36天

交付指標

提供不少于100對引物(經過篩選后具有多態性的)

參考基因組

有參、無參均可


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